風囊泵中兩個風囊將泵腔分為兩個工作腔，風囊之間用連接軸連接，每個工作腔分為氣相工作腔和液相工作腔兩部分，壓縮空氣進入泵的氣相工作腔后，壓縮風囊變形移動，通過換向閥控制壓縮空氣依次進入兩個氣相工作腔工作，利用液相腔的交替吸液排液，實現對液體的輸送。與隔膜泵最大的區別是用風囊替代了隔膜，更適用于連續不間斷運行，輸送的液體脈動較隔膜泵小，使用壽命長。

風囊泵在濕法腐蝕清洗設備中主要有以下應用：
（1）藥液恒溫控制：由風囊泵、循環溢流槽、閥門、過濾器、管件、熱交換器，制冷機或加熱器等組成溫度控制系統。通過泵使藥液循環并在熱交換器內進行熱交換用以實現藥液的恒溫控制。
（2）藥液的循環過濾：由風囊泵、循環溢流槽、閥門、過濾器、管件等組成藥液的循環過濾系統。實現藥液的循環過濾，均勻流場。保證工藝槽藥液溫度和濃度的均勻性。
（3）廢液回收和再利用：120℃以上強腐蝕性藥液（如SPM）使用后廢液如直接從工藝槽排至廢液管道，由于溫度高，將導致排液管道的損壞，引起安全事故，采用工藝槽內自然冷卻的方法又耗時過長，影響生產效率。一般采用高溫風囊泵將槽內藥液輸送至降溫槽，在降溫槽內降溫后再排入排廢管道，這種方法即節省了時間，又保證了生產的安全性，被業界所廣泛采用。
濕法腐蝕清洗設備中經常配置多個功能相同的工藝槽體（如有機去膠槽），工藝流程為晶圓片依次通過各工藝槽進行相同工藝處理，先處理的工藝槽藥液較臟，后處理的較干凈，為了節省藥液，降低生產使用成本，換液時，一般將前槽較臟的藥液排掉，利用風囊泵和過濾器將后槽的藥液輸送到前槽再利用，最后將新藥液注入到后槽使用。